Il reddito delle cooperative agricole è sempre esente da Ires, a prescindere dalle modalità di formazione.
La Legge di stabilità 2014 ha reintrodotto la possibilità di opzione per il reddito agrario.
Esenzione da Ires - Con la consulenza giuridica n. 954-20/2013 del 18 dicembre 2013, l'Agenzia delle Entrate ha confermato la non imponibilità delle riprese fiscali relative ai costi non deducibili risultanti nei bilanci delle cooperative agricole, giustificando tale beneficio con il fatto che l'esenzione dall'imposta sui redditi (di cui all'art. 10, D.P.R. 601/73) trova applicazione non solo per i costi non deducibili disposti dal Tuir, ma anche per i costi derivanti da altre fonti normative (es. Ici e Irap).
L’esenzione da Ires è dunque totale, fatta eccezione per il 20% dell'utile (art. 1, co. 460 e 461, L. n.311/2004).

Nessun esplicito chiarimento, tuttavia, è stato fatto circa la tassazione dell’ulteriore quota di un decimo della riserva minima obbligatoria, pari al 3% dell’utile civilistico tassato (art. 6, D.L. n. 63/2002), dando per scontata l’esenzione da Ires anche per tale maggiorazione.

Tassazione dei redditi delle cooperative agricole - L'articolo 10 del D.P.R. 601/1973, in materia di tassazione dei redditi delle cooperative agricole, dopo le modifiche apportate dall'art. 1, co. 461, L. n.311/2004, prevede che l'esenzione dall'imposta sul reddito, inizialmente prevista per tutti i redditi prodotti dalle cooperative agricole, non trovi applicazione limitatamente al 20% dell'utile netto.

Il reddito imponibile totale, quindi, formato con utili risultanti dal conto economico (escluso il 20% ovvero il 23%) o da riprese fiscali a fronte di costi non deducibili in base al Tuir o ad altre disposizioni di legge, non è soggetto a Ires.

Già nella Circolare n.37/E/2003, l’Agenzia aveva chiarito che la cooperativa si pone nei confronti del socio come strumento operativo per svolgere in comune una parte del ciclo agrario che il produttore agricolo avrebbe potuto svolgere in proprio.
L'attività della cooperativa risulta sostitutiva di quella dei singoli imprenditori agricoli associati e perciò connessa soggettivamente e oggettivamente con l'attività agricola primaria degli stessi.

Dunque, la tassazione non deve avvenire in capo alla cooperativa con i criteri del reddito di impresa, ma in capo ai singoli soci, secondo i criteri stabiliti per le attività agricole originarie.

La cooperativa agricola può, quindi, considerare a conto economico un accantonamento per svalutazione crediti in misura superiore allo 0,5% dei crediti, oppure accantonamenti a fondi rinnovamento impianti, senza porre particolare attenzione alle conseguenze fiscali, in quanto inesistenti.

Opzione per la determinazione del reddito su base catastale - Altra novità che riguarda il mondo delle cooperative agricole è quella contenuta nella Legge di stabilità 2014, L. n.147/2013, all’art.1, comma 36.
Tale disposizione annulla l'abrogazione della opzione per la determinazione del reddito su base catastale per le S.r.l., comprese le cooperative, S.n.c., S.a.s. aventi la natura di società agricola.
I soggetti indicati nell’art. 2, D.Lgs. n. 99/2004, che hanno per oggetto esclusivo l'esercizio delle attività agricole di cui all'articolo 2135 c.c. che nella denominazione prevedono la dicitura di "società agricola", possono optare per tale regime.
L'esercizio della attività agricola è riconosciuto come “esclusivo”, anche qualora la società conceda in affitto fabbricati e terreni agricoli, se i ricavi derivanti dalla locazione non superino il 10% dell'ammontare complessivo dei ricavi.

Ridiventa efficace anche il comma 1094 della legge 296/2006, che assimila agli imprenditori agricoli le società di persone ed a responsabilità limitata che provvedono alle attività di trasformazione e vendita dei prodotti ceduti dai soci, avendo la medesima funzione delle società cooperative. 

Tuttavia per tali società il reddito imponibile è pari al 25% dei ricavi.